Après son départ du Benfica, Kaboré va être prêté à un club de la Bundesliga.

Manchester City a décidé de prêter son défenseur latéral au Werder Brême jusqu’à la fin de la saison. Issa Kaboré, qui était en prêt au Benfica mais est revenu précipitamment à Manchester City, a déjà son avenir assuré : il rejoindra le Werder Brême en Bundesliga pour la deuxième moitié de la saison. À 23 ans, Kaboré n’a disputé que sept matchs avec Benfica cette saison, enregistrant une passe décisive en Coupe du Portugal.